Em 2019 foi constituído um Grupo de Trabalho com a participação de docentes para planejar e implementar a autoavaliação do Programa. Em 2020 foi ampliada a composição deste grupo e estabelecida a Comissão de Autoavaliação, com a participação de docentes, discentes e egressos, visando à melhoria da qualidade do Programa e ao acompanhamento dos processos formativos, de produção de conhecimento e de inserção social, científica e profissional. Esta Comissão teve sua composição nomeada conforme Portaria da Direção do CAp-UERJ.
A PORTARIA CAp-UERJ Nº 11, de 1º DE SETEMBRO DE 2023 estabelece a Comissão de Autoavaliação do Programa para os anos de 2023 a 2025.
O PPGEB elaborou o seu Planejamento Estratégico 2023-2025 com base no processo de Autoavaliação que vem sendo realizado no Programa.