O Programa de Pós-Graduação de Ensino em Educação Básica (PPGEB), com o Curso de Mestrado Profissional, faz parte da Área de Ensino e foi aprovado pelo Conselho Técnico-Científico da Educação Superior – CTC- ES/CAPES em sua 1ª Reunião Extraordinária, realizada no período de 15 e 16 de julho de 2013, que lhe atribuiu a Nota 4. O parecer destaca que, para a aprovação do projeto e a atribuição da nota, foram considerados os aspectos positivos referentes ao apoio institucional, à infraestrutura, à proposta pedagógica, ao corpo docente e sua maturidade técnico-científica.
Em 2016 o Programa, com sua primeira turma iniciada em 2014, foi avaliado pela primeira vez pela CAPES, após três coletas anuais de dados, e teve a Nota 4 mantida.
Em dezembro de 2022 a CAPES divulgou os resultados da Avaliação Quadrienal 2017-2020, em que foi atribuída a Nota 5 ao Programa:
Esse resultado é decorrente do compromisso e da dedicação do corpo social do PPGEB em buscar a excelência no desenvolvimento de dissertações e produtos educacionais nas pesquisas realizadas no Mestrado Profissional.